R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。
)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。
你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面，然后用clusterProfiler进行数据分析” 。在如何构建的问题上，网上也有许多文章进行了介绍。构建 OrgDb 时，需要 gene_info 和 gene2go 。
大数据用什么语言开发
1、java可以说是大数据最基础的编程语言，据我这些年的经验，我接触的很大一部分的大数据开发都是从Jave Web开发转岗过来的（当然也不是绝对我甚至见过产品转岗大数据开发的，逆了个天）。
2、%以上的大数据框架都使用Java开发语言，所以要想学习大数据技术，首先要掌握Java的基本语法和JavaEE的相关知识。MySQL数据库 这是学习大数据的必备知识之一。
3、学习java开发推荐千锋教育。Java是一种语言，而大数据更像是一个方法论或者是集合。
4、R语言 使用R语言，只需要短短的几行代码，你就可以在复杂的数据集中筛选，通过先进的建模函数处理数据，以及创建平整的图形来代表数字。它被比喻为是Excel的一个极度活跃版本。
5、java可以用来做大数据工作，大数据开发或者应用不必要用java，可以Python，Scala，go语言等。Java是我们耳熟能详的编程语言，大数据更是当今科技的明星技术。
6、大数据应用工程师是做大数据开发的，主要的工作是负责搭建大数据应用平台以及开发分析应用程序，也属于程序员的范畴。
嵌套Venn图的绘制(R语言)
使用R包GOplot，即可通过给定的数据绘制这种特殊的Venn图，同时展示基因交集以及上下调数量的二维信息。这样这种Venn图组合饼图的样式就得到了。
绘制韦恩图有很多方式，R，Python，Perl等，这里主要是用R来展示；在R语言中，绘制venn图有很多包可以实现：Venn，Vennplot，VennDiagram，VennDetail，ggvenn，gplots等。 此文主要展示一下用VennDiagram包绘制高纬度的韦恩图。
绘制韦恩图有很多方式，R，Python，Perl等，这里主要是用R来展示；在R语言中，绘制venn图有很多包可以实现：Venn， Vennplot， VennDiagram， VennDetail， ggvenn，gplots等。此文主要展示一下用VennDiagram包绘制高纬度的韦恩图。
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题
1、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。
2、在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在 功能注释后如何做富集分析 中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。
3、其中2个与生长素信号转导相关，而另外8个则没注释到生长素信号转导相关，简单画一下，即 好，剩下的两个就不替换了。整体上，ORA模式的富集分析，本身就是经典的抽球案例，感兴趣的自行替换就可以了。
4、功能富集分析： 功能富集需要有一个参考数据集，通过该项分析可以找出在统计上显著富集的GO Term。该功能或者定位有可能与研究的目前有关。 GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO的第二层次。
数据在线绘图-亿图如何绘制uml数据
）协作图 和序列图相似，显示对象间的动态合作关系。可以看成是类图和顺序图的交集，协作图建模对象或者角色，以及它们彼此之间是如何通信的。
亿图如何绘制uml数据 时序图绘制步骤 使用「亿图图示」软件(需提前安装)绘制时序图，只需要4个步骤，具体内容如下所述：①运行软件，开启绘图 双击启动软件，依次点击“新建”-“软件”-“UML模型图”-“创建”。
第一步，确定对象和类。这里所说的对象是对数据及其处理方式的抽象，它反映了系统保存和处理现实世界中某些事物的信息的能力。类是多个对象的共同属性和方法集合的描述，它包括如何在一个类中建立一个新对象的描述。
其画法具体步骤如下：(1)首先应下载一个桌面版的叫作“亿图图示”的软件并打开。(2)在顶部工具栏中找到“新建”一栏，在搜索框中搜索“时序图”或者点击“UML图”。
如何绘制UML顺序图 应该是时序图吧，用微软的Visio画图，比如说拿其中的一个实体走完它所有的功能。一个完整的系统应该有好几个时序图，一个里面肯定画不完。根据整个逻辑把各个属性走一遍。
时序图怎么画 时序图，即SequenceDiagram，又名序列图、循序图，是一种UML交互图。其画法具体步骤如下：(1)首先应下载一个桌面版的叫作“亿图图示”的软件并打开。
如何从众多go生物学分析中选取出需要的生物过程
准备输入数据 待分析的数据就是一串基因名称了，可以是ensembl id、entrze id或者symbol id等类型都可以。把基因名称以一列的形式排开，放在一个文本文件中（例如命名“gene.txt”）。
原子吸收光谱法、电感耦合等离子体发射光谱法、等离子体质谱法、原子荧光光谱法、电化学分析法等在生物试样分析中得到广泛应用。
很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些表达显著改变的基因参与了疾病或免疫相关的生物学过程、信号通路等，基因表达水平的失调与疾病肯定密不可分。
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