R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。
对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。
【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题
1、最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。
2、方法二是方法一的逆向思路，既然可以调大画布，那么反过来，我们也可以调小x轴标签字体。绘图结果：只要我们将纵向柱状图改成横向柱状图，那么就不会存在这种问题。
3、在是否需要构建的问题上，我看到徐洲更在 功能注释后如何做富集分析 中提到 “你不需要构建Orgdb，因为Orgdb的用途是进行基因编号和GO/KEGG的转换。
4、首先，打开 TBtools GO 富集分析界面 整体如上，一共三个文件：具体示例如下 点击 Start ，随后等待即可。完成时会有弹窗提示。
5、单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。
生存分析R语言绘图——ggsuvplot介绍及实例
surv.median.line = none， #画一条水平或者垂直得生存中位值线，允许的值有c(none， hv， h， v). v： 垂直vertical， h：水平horizontal.risk.table = FALSE， #是否显示风险table。
然后我们进行生存曲线的分析，使用futime和fustat两列，首先根据是否发生删失对数据进行处理。 可以看到发生删失的都带上了加号。
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。
如何用R语言解析Excel数据?
1、用R语言的内置数据组个列表。它就变成了含有多个工作簿的电子表格哦。有import函数可以读取各种类型的文件，但对于xlsx它只识别第一个工作簿。
2、第一步，使用R语言（RStudio）运行“read.csv（）”读取数据，发现代码运行不正确，见下图，转到下面的步骤。
3、R语言可以使用read.xlsx()函数来读取excel数据文件，也可以使用read.csv()函数来读取csv格式的数据文件。此外，还可以使用R包RODBC来连接数据库，从而将数据文件存储在数据库中，便于管理和操作。
4、把Excel数据保存为.csv格式，就可以直接用read.csv()读取了；如果要读取.xls这样的格式，要安装相应的r包才能用。
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