R语言:clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
)检查结果，可见geneID展示为gene symbol。（1）在enrichGO函数中，设置readable = TRUE；(2)用setReadable函数，对GO或者KEGG结果进行转化即可。
对于没有转换的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法进行转换ID：可以看到，这里转换ID的对应文件来源于org.Hs.eg.db这个包。
最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。气泡图 柱形图 这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。
你可以直接导入基因号和GO/KEGG编号的对应关系到R里面，然后用clusterProfiler进行数据分析” 。在如何构建的问题上，网上也有许多文章进行了介绍。构建 OrgDb 时，需要 gene_info 和 gene2go 。
用topGO进行GO富集分析
1、topGO是一个半自动的GO富集包，该包的主要优势是集中了好几种统计检验的方法，目前支持的统计方法如下：BiocManager：install(topGO)需要R的版本为=10，但biocmanager安装需要的R版本更高，现在应该是6。
2、两种方法： classic， elim 函数 GenTable() 可用于分析富集最为显著的 GO term 和相对应的p值。函数 score() 可以得到 topGOresult 对象中 GO term 的p值。
3、具体如何做物种所有基因的背景注释，请参考前述推文《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...》。首先，打开 TBtools GO 富集分析界面 整体如上，一共三个文件：具体示例如下 点击 Start ，随后等待即可。
4、通常称这种分析为GO、KEGG富集分析。本节视频教程，就让我们带大家学习什么是GO、KEGG富集分析，它们的主要原理是什么，并简单展示使用DAVID进行差异表达基因GO富集分析的操作过程。
5、GO富集是组学数据分析常用的手段，通常用来挖掘差异基因中GO term的富集程度。Fishers exact test是常用的统计检验方法，但这种方法存在明显的缺点。
go富集分析是什么意思
go富集分析是什么意思如下：富集分析(Enrichment Analysis) 是一种广泛应用于 生物信息学Q 研究的统计方法，主要用于检验一个基因集合中某些功能或特征的富集程度。
GO富集是组学数据分析常用的手段，通常用来挖掘差异基因中GO term的富集程度。Fishers exact test是常用的统计检验方法，但这种方法存在明显的缺点。
GO富集分析原理简介和DAVID的GO富集分析方法操作演示 寻找差异表达的基因并挖掘它们可能的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。
GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。
GO富集分析原理： 有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程，注释完之后（模式生物都有现成的注释包，不用我们自己注释），计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定位、某一种生物学功能。
有一个大概的认识，就是，自己的基因集中某种功能基因的占比要高于这种功能的基因在所有基因中的占比。
GO富集分析中BP是什么意思
BP：biological process，生物学过程。MF：molecular function，分子功能。CC：cellular component， 细胞成分。因此在画图的时候，我们需要将这三类给区分开来。下面分别用了三种不同的方式来展示GO富集分析的结果。
GO分为分子功能（Molecular Function)(MF)、生物过程（Biological Process）(BP)、和细胞组成（Cellular Component）(CC)三个部分。
BgRatio(Background Ratio)：这里也是一个分数，分母是人的所有编码蛋白的基因中有GO注释的gene的数目，BP是18866个，CC是19559个。分子是这18866/19559个gene中注释到这个GO条目上面的gene的数目。
投资人眼中的BP是商业计划书，是Business Plan的缩写。商业计划书是一份全方位的项目计划，其主要意图是递交给投资商，以便于他们能对企业或项目做出评判，从而使企业获得融资。
BP中的B指的是Business，是业务、商业的意思，P指的是Partner，是伙伴、同伴、同伙的意思，连起来就是业务伙伴。HRBP的全称为HRBUSINESSPARTNER，称为人力资源业务合作伙伴。
GO、KEGG富集分析(一)有参情况
1、GO富集分析原理： 有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程，注释完之后（模式生物都有现成的注释包，不用我们自己注释），计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定位、某一种生物学功能。
2、KEGG指的是京都基因与基因组百科全书，通常我们使用KEGG中的pathway模块，将基因映射到某些通路上，了解基因参与生物体中的代谢过程等。
3、在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。
4、Gokegg富集分析是一种生物信息学工具，用于分析一组基因在细胞、组织或生物体中是否具有共同的生物学功能或通路。它可以将不同基因集之间的差异性比较和功能注释结果整合起来，进而预测哪些生物学过程与不同基因集相关联。
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